گیاهان دارویی به‌طور گسترده در صنایع داروسازی، غذایی و خانگی مورد استفاده قرار می‌گیرند. با این حال، به دلیل منشأ طبیعی و تماس مداوم با خاک، هوا و عوامل محیطی، این ترکیبات می‌توانند حامل آلودگی‌های میکروبی و شیمیایی باشند. حضور میکروارگانیسم‌ها، فلزات سنگین، آفت‌کش‌ها و سایر آلاینده‌ها می‌تواند کیفیت، ایمنی و اثربخشی فرآورده‌های گیاهی را تحت تأثیر قرار دهد.

از آن‌جا که حذف کامل این آلودگی‌ها عملاً ممکن نیست، انجام آزمون‌های میکروبی به‌منظور پایش و کنترل سطح آلودگی در محدوده‌های مجاز ضروری است.